هسته

حاوی ژنوم سلول است. هسته توسط یک جفت غشا احاطه شده که این دو غشا توسط فضایی که قطر متفاوت دارد از هم جدا شده اند. غشای داخلی همانند یک کیسه ساده است ولی غشای خارجی به شبکه رتیکولوم اندوپلاسمیک متصل است. به علت سوراخهای موجود در غشای هسته قدرت نفوذ انتخابی وجود دارد و این شامل انواع پروتئین هایی است که عمل آنها وارد و خارج کردن مواد هسته است. کروموزوم های سلول یوکاریوت حاوی ماکرومولکولهای خطی و مارپیچی از زنجیر مضاعف DNA هستند.  DNA سلول هنگامی در میکروسکوپ نوری مشاهده می‌شود که سلول در حال تقسیم بوده و DNA حالت متراکمی دارد در مواقع دیگر کروموزومها متراکم نیستند. ساختاری که معمولا در هسته دیده می شود هستک است که غنی از RNA می باشد.

ساختمان سیتوپلاسم
در سیتوپلاسم سلول یوکاریوت معمولا اندوپلاسمیک واکوئل ها پلاسمیدهای تکثیر شونده و اسکلت سلولی مرکب از میکروتوبولها، میکروفیلامنت ها و فیلامنت های بینابینی وجود دارد. اندوپلاسمیک رتیکولوم از شبکه نامنظمی از کانال های محدودی تشکیل شده که تا غشای هسته ادامه دارد. دو نوع شبکه آندوپلاسمی شناسایی شده: دانه‌دار که ریبوزوم ها به آن متصل هستند و صاف که ریبوزوم ندارد. شبکه اندوپلاسمی دانه‌دار در سنتز گلیکوپروتئین ها و تولید اجزای غشایی که از سلول عبور می‌کنند، دخالت دارد. شبکه اندوپلاسمی صاف در سنتز لیپیدها و برخی جنبه‌های متابولیسم کربوهیدرات دخالت می‌کند. دستگاه گلژی در همکاری با شبکه اندوپلاسمی، محصولات به وجود آمده را از نظر شیمیایی آماده و بسته بندی می کند. این محصولات باید ترشح شده یا در ساختمان غشای سلول به کار گرفته شود.
پلاسمید ها شامل میتوکندری و کلروپلاست هستند. میتوکندری ها به اندازه پروکاریوت ها هستند و دو نوع غشا دارند: غشای خارجی، غشای داخلی چین خورده را در بر می گیرد. این چین خوردگی ها کریستاها هستند. کریستا مکان سیستم انتقال الکترون تنفسی است. کلروپلاست ها ارگان های فتوسنتزی سلولها هستند که قادرند توسط فتوسنتز انرژی نورانی را به انرژی شیمیایی تبدیل کنند. اندازه، شکل و تعداد کلروپلاست در هر سلول بسیار متفاوت است. در مقایسه با میتوکندری، کلروپلاستها از پروکاریوت ها بزرگتر هستند. میتوکندری و کلروپلاست DNA مخصوص به خود دارند که برخی از پروتئین های خود را می سازند و RNA از روی آنها ساخته می شود.
یوکاریوت های بی هوازی فاقد میتوکندری می باشند؛ اما برخی از آنها مانند تریکوموناس واژینالیس دارای ارگانل تنفسی به نام هیدروژنوزوم هستند از نظر اندازه این ارگان به میتوکندری شباهت دارد ولی کریستا ندارد و در آن آنزیم چرخ تری کربوکسیلیک یافت نمی شود.
سلول پروکاریوتی
ایه های سطحی
سلول یوکاریوت توسط غشای سیتوپلاسمی مرکب از پروتئین و فسفولیپید مشابه با غشای سلول پروکاریوت احاطه شده است. اکثر سلول های جانوری فقط همین غشا را دارند و لایه دیگری ندارند. با این همه سلول های گیاهان دارای دیواره سلولی خارجی از جنس سلولز میباشند.

اعضای حرکتی
بسیاری از میکروارگانیسم های یوکاریوتی اعضای به نام تازک یا مژه دارند که در محیط مایع یا حرکتی مشابه موج، سلول را به طرف جلو حرکت می‌دهند. تاژک های یوکاریوتی از ناحیه قطب سلول ناشی می شوند؛ در صورتی که مژه ها کوتاه تر از تاژک بوده و اطراف سلول را احاطه می‌کنند. ساختمان و ترکیب شیمیایی تاژک و مژک سلول های یوکاریوت مشابه هم می باشد. هر دو از یک سری میکروتوبول هایی تشکیل شده اند که لوله های توخالی پروتئینی مرکب از پروتئینی به نام توبولین می باشند و توسط غشایی احاطه گشته اند.